河川
91年起主要水質監測作業由環保署監資處執行，目前共監測317個測站。
每月監測：水溫、導電度、pH、溶氧、生化需氧量、總有機碳、氨氮、懸浮固體、化學需氧量及大腸桿菌群，共10項； 每季增加監測：總凱氏氮、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮、總氮、總磷、鉛、鎘、六價鉻、砷、汞、硒、銅、鋅、錳、銀，共15項。
水庫
82年起，每年針對台灣20座水庫進行例行性水質監測，監測結果並以總磷、葉綠素-a及透明度三項測值計算卡爾森指數(Carlson trophic state index, CTSI)，用以表示水庫水質優養化程度。
91年起，水庫水質監測作業擴及離島，目前共計58座水庫，113個採樣點。
每季一次，監測項目包括：水溫、導電度、pH、溶氧量、總有機碳、氨氮、懸浮固體、化學需氧量、有機氮、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮、總磷、磷酸鹽、葉綠素-a、透明度、濁度、硬度、總鹼度，共18項。
地下水
91年開始執行台灣地區區域性地下水監測井水質監測，目前共有431口地下水監測井。
每季一次，監測項目包括：水溫、導電度、pH、氨氮、總有機碳、總溶解固體、氯鹽、硫酸鹽、硝酸鹽氮、鎘、鉻、砷、鉛、銅、鋅、錳、鐵、鈉、鉀、鈣、鎂、總硬度及鹼度，共23項。
海域
現行台灣海域水質監測自91年執行，將沿海規劃成19個沿海區域，總計有104個監測站。
水質監測每季一次，項目包括：水溫、pH、溶氧量、氨氮、懸浮固體物、葉綠素a、鹽度、磷酸鹽、矽酸鹽、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮及鎘、鉻、鉛、汞、銅、鋅，共17項。
休憩海域
91年起，針對福隆、新金山、崎頂、通霄、大安、馬沙溝、台南黃金海岸、旗津、墾丁跳石及杉原等10個旅遊人潮較多的海水浴場和休憩海域，於每年6月至9月期間進行休憩海域水質監測。
93年6月起，因黃金海岸係為無人管理之海濱，水質長期不佳，在不鼓勵民眾前往遊憩下，改為監測西子灣。
每年6至9月，兩週監測一次，項目包括：濁度、鹽度、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮、磷酸鹽、矽酸鹽、水溫、pH、大腸桿菌群及腸球菌群，共10項，供民眾遊憩時的參考。
資料來源為行政院環保署
